G-Blender

Bien, he modelado una cabeza por un lado, y el cuerpo por otro.
Cuando voy a unirlos, la cabeza y el cuerpo tienen el mismo numero de vertices, pero cunado alineo la cabeza con el cuerpo, y le doy a ctrl+j la cabeza se suaviza mucho mas que el cuerpo. dejo una foto: No se como narices hacer esto... he probado a quitar todos los modifcadores e importar pero nada...

Eso es porque la cabeza le pusiste suavizado de caras antes de unirlos.
No es realmente un problema ya que en la vista de wireframe no se ve dividido. Para corregirlo entra en modo edición y selecciona todas las caras, del lado izquierdo, en el panel de herramientas ( tecla T) en la pestaña de Shading/UV los primeros botones controlan el suavizado del modelo, tu caso activaste el suavizado de caras, puedes aplicarlo a todo el modelo o quitarlo, los primeros 2 botones corresponden al suavizado de caras, simplemente presiona Smooth o Flat, el que quieras, Smooth aplicará el mismo suavizado a todas las caras selccionadas, Flat le quitará el efecto y pondrá todas las caras seleccionadas sin efectos.
A veces para modelar el shader de smooth no es muy util, pero para renderizar es casi obligatorio para modelos no cuadrados u orgánicos.

Por cierto, esas instrucciones son para las versiones más recientes de blender, si tienes una versión más antigua en la que aún no implementaban lo de las pestañas deberás buscar la opción del shader smooth aproximadamente poco antes de la mitad de las opciones del mismo panel herramientas.

Muchas gracias D4rB!!